蔚蓝档案游戏背景如下：

游戏的舞台为数千学园集合构成的巨大学园都市“基沃托斯”，由于学园都市的统治方、联邦学生会长行踪成谜。都市内不但有辍学的不良学生、还有私人军事企业等诸多问题产生。玩家作为刚到职的老师必须前往特务搜查社团“沙勒”将混乱的局面控制下来。基沃托斯的学生们的特征就是头上的奇异光环，以及她们随时携带的特殊枪械武器，藉由玩家的指挥能让她们发挥比平常更强的战力。